С развитием демократических процессов в обеих странах на авансцену монголо-российского экономического сотрудничества вышли приграничные регионы. На их долю сегодня приходится 70 % общего объема. Монголия за счет поставок из Иркутской области и Бурятии, Алтайского края, Читинской, Кемеровской, Новосибирской областей и других соседствующих регионов в основном обеспечивает потребности нефтепродуктов, электроэнергии, промышленного оборудования и запчастей, стройматериалов, а также значительную часть продовольствия.
Главная проблема сегодня во взаимной торговле – это урегулирование дисбаланса во внешней торговле. Он, в частности, вызван высокими таможенными тарифами на традиционные монгольские товары, что делает их на российском рынке неконкурентоспособными, устранение чрезмерно жестких условий и бюрократизма ветеринарной службы. Вследствие этого поставки мяса – одного из основных статей монгольского экспорта испытывают искусственные преграды. Уже ряд лет ставится вопрос об обустройстве и увеличении числа КПП на монголо-российской госгранице. Вновь, уже в который раз поднимался вопрос об урегулировании и облегчении визового режима между двумя странами. В принципе при отлаженной системе таможенных, пограничных служб, урегулировании визового режима приграничные регионы обеих стран имеют возможность значительно увеличить взаимные поставки промышленных и продовольственных товаров. Об этом говорили в своих выступлениях руководители Бурятии, Иркутской, Читинской областей, Республики Тыва, Горного Алтая и губернаторы Селенгийского, Увс и ряда других аймаков Монголии.